在水产养殖中，益生菌几乎是一个使用最为普遍的产品，培水用，调水用，需要净水时还是要用，调水时直接泼洒使用，改底时拌沸石粉使用，内服拌料使用，各种用！益生菌似乎成了万能的 “万金油”，这就好像当你感冒了、身体不舒服了，总让你多喝“热水”一样，貌似有点道理，挑不出啥毛病，但似乎“疗效”也是不太明确。到底益生菌该怎么用？本文来聊一聊。
益生菌的品类繁多，使用方式各异，一旦摊上“万能”的边，益生菌似乎也被很多人看作有益无害的“万金油”，或许是为了迎合这种心理，很多生产厂家在益生菌产品的说明上把益生菌的功效无限放大，上可肥水、调水，下可改底、净水！进可帮助消化吸收、降低饵料系数，出可分解残饵、粪便、死藻！攻可处理氨氮、亚盐、硫化氢，守可降PH、稳藻相……似乎无所不包，无所不能。
诚然，益生菌用得好，对水产有很大的裨益，但如果使用不当，益生菌起的作用就大幅降低甚至起反作用。市面上益生菌对产品的功能喜欢大而全的宣示，恨不得把上面所列的所有好功能都往自己身上揽，但闭口不提可能引起负面作用。比如益生菌投放到池塘里面可能带来的生物耗氧的增加。就拿水产常见的芽孢菌来说，大部分的水产用芽孢菌都是好氧型的，但是产品说明上很少有提及这一点，基本很少见提示投放时需要注意耗氧的，甚至有的芽孢菌产品还强调自己是兼性厌氧的品种，不会耗氧云云。
实际上就算兼性厌氧的细菌，呼吸、工作时可能是厌氧的，但它们在有氧的条件下是可行有氧呼吸的，繁殖时基本都需要消耗氧气的。大部分的兼性厌氧菌在低氧或无氧时进行无氧呼吸，仅维持生存，而在有氧的环境下进行有氧呼吸并进行繁殖。别看着兼性厌氧细菌有“厌氧”两个字，就以为是不耗氧的！（如果使用不当，“益生菌 ”不但没益反而有害，甚至会因为生物耗氧而引起“暴塘”“菌暴”现象）兼性厌氧菌其实也叫做兼性好氧菌，但益生菌产品往往只标示兼性厌氧菌，取“耗氧少”之意，你懂的……
当然了，也存在极端的厌氧菌，相对应“兼性厌氧”的称谓这类厌氧菌被称为“专性厌氧”，主要指在无氧的环境中才能生长繁殖的细菌。此类细菌缺乏完善的呼吸酶系统，只能进行无氧发酵，不但不能利用分子氧，而且游离氧对其还有抑制作用，比如破伤风杆菌、肉毒杆菌等。目前专性厌氧菌还没有作为水产益生菌的应用，水产益生菌大多数为好氧菌或兼性厌氧菌（兼性厌好菌）。
对于有些宣称可以在阴雨天或者晚上使用、不耗氧还能间接增氧的益生菌，你就当个屁放了吧，别放塘里就是了。
受到那些产品标签上几乎“万金油”式的功能表述的长期“熏陶”，益生菌的认知、使用变得越发模糊不清，在众多纷扰的信息困扰下益生菌究竟应该怎样合理应用？
我们可以从益生菌的某一类特点入手，比如前面谈的好氧或兼性厌氧的特点上去区别、使用，还是对生产有比较大的指导意义的。
比如水产用的芽孢菌，大多属于好氧型的，相对的光合菌、乳酸菌、酵母菌可归为兼性厌氧，复合菌比如常见的EM菌，所含菌类比较丰富，可以归为兼性厌氧类。相对来说可以理解为好氧型的菌对池塘的氧气的消耗会大于兼性厌氧菌，因此芽孢菌比较适合前期或氧气条件比较佳的池塘使用，而且芽孢菌的优点是分解能力强，在投苗前池塘进水时投放进行“生物改底”是比较适合的，而在养殖中后期对溶解养要求比较高的状况下，芽孢菌的使用就要比较慎重了；相对来说中后期比较适合投放耗氧相对较少的兼性好氧，比如光合菌，耗氧比较少，而且有固氮作业，可在一定程度上避免池塘氮源积累过多（饲料是一个比较大的外来性氮源），避免池塘藻类过浓过旺、降解氨氮、亚硝酸盐、硫化氢等有比较好的效果。根据益生菌的一些特点来决定使用的方式是防止众多过度宣传效果干扰的一个办法。